学校前身是始建于1949年初的冀鲁豫区第二师范学校。

  1958年8月改建为菏泽师范专科学校。

  2002年，菏泽师范专科学校、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学3所学校合并，

  同时并入菏泽师范学校、菏泽农业学校，筹建菏泽学院。

  2004年5月，教育部批准菏泽学院为普通本科高校。

  2011年，单县师范学校、郓城师范学校并入菏泽学院。