医政学院得名于南京医科大学的前身“江苏省立医政学院”。1934年建校时即有卫生行政管理、卫生教育及医科专业，是我国早从事卫生事业管理教育的高等院校之一。2002年7月，在原社会科学部和公共事业管理系的基础上组建而成的医政学院，是南京医科大学19个二级学院之一。学院拥有社会科学部、公共事业管理系以及南京医科大学卫生政策研究中心、医患沟通研究中心、卫生事业管理教育培训中心、心理健康教育与研究中心。江苏省新型农村合作医疗指导中心在学院。目前学院教职工48名，其中教授5名，副教授19名，博士（含在读）23人。
  作为江苏省早招收卫生事业管理本科生与研究生的单位，学院在人才培养方面积累了较为丰富的经验，现已拥有公共管理本科专业以及公共管理学一级学科硕士点、思想政治教育二级学科硕士点、人文医学交叉学科博士点和社区医学与健康教育学二级学科博士点（在公共卫生学院）。目前公共管理本科专业分设公共事业管理（卫生事业管理方向）、公共事业管理（卫生事业管理与法学方向）、公共事业管理（医药贸易与管理方向）3个专业方向，其中公共事业管理（卫生事业管理与法学方向）为六年制双学位，公共事业管理（卫生事业管理方向）本科专业为江苏省特色专业。本专业自1997年开办以来累计招生1100余人，在校本科生506人。社会医学与卫生事业管理学科硕士点自2002年起招收卫生政策与法规、卫生服务研究、健康保障制度、卫生行政管理、卫生信息管理、医院管理等方向的研究生，在校研究生58人。
  经过十余年的发展，学院学科建设整体水平不断提高，逐渐形成了以思想政治教育学科为基础、社会医学与卫生事业管理学科为重点、人文医学学科为特色的三大学科群。学院拥有社会医学与卫生事业管理、思想政治教育、人文医学三个校级重点学科。
  医政学院立足卫生事业管理，针对我国卫生改革与发展中存在的问题开展科学研究。近年来，共承担各级各类科研项目近160项，科研经费近800万元，其中国家自然科学基金面上项目5项，国家社会科学基金项目1项，与瑞典卡洛林斯卡医学院合作开展生命质量研究，获得瑞典国家研究院资助。出版学术专著10余部。发表科研论文400多篇。学院还先后主持或参与了多项由各级政府和医疗卫生机构委托的应用性项目研究，为决策提供参考。
  学院不断加强国际交流与合作。分别与美国密西根大学、韦恩大学、霍普金斯大学、加拿大麦吉尔大学、瑞典卡洛林斯卡医学院、澳大利亚昆士兰科技大学、台湾中山医学大学等在有关卫生事业管理与人文医学的教学、人才培养、科学研究等方面有着密切的联系、交流与合作。
  学院十分重视专业的社会核心竞争力，在狠抓教学质量的同时，注重学生人文素质、自主管理能力和社会实践能力的培养。本科生性就业率保持在94％以上，研究生就业率均为100％。毕业生大多在卫生行政部门、医疗机构管理工作岗位上就业。毕业生德智体发展，素质较高，理论基础扎实，受到用人单位普遍欢迎。每年均有本科生到国外高校留学深造。