1955年12月19日，由国务院卫生部直接领导的“中医研究院”宣告正式成立，周恩来总理为研究院的成立题词：“发展祖国医药遗产，为社会主义建设服务”。由外科学和针灸学家鲁之俊任院长兼党委书记，下设附属医院、内科研究所、外科研究所、针灸研究所、针刺疗法研究所、中药研究所、医史研究室、编审室和中医研究班。

1960年至1965年，中医研究院共进行了125项科研计划，在麻疹合并肺炎这一危害儿童健康的疾病治疗中取得了重大突破；在继承古代“金针拨障术”的基础上，不断改进器械和手术，能够在治疗白内障的同时治好青光眼；进行了较为系统的针灸临床及经络研究，并复制了两具针灸铜人；进行了牛黄等药材代用品的研究，为解决药材紧缺问题提供了科学依据，并对中药炮制和剂型改进做了量工作；进行了大量的医学史料研究整理，编撰出版了数十部医史研究、老中医经验著作及中高等中医院校教材。期间于1963年3月中医研究院进行了机构调整，把附属医院外科、针灸科的主要技术力量、医疗设备及90张床位的装备调往广安门医院；将广安门医院的内科，妇科，儿科的部分技术人员调来附属医院，并且把附属医院改名为中医研究院西苑医院和内科研究所。

曹东义编著,中医近代史话,中国中医药出版社,2010.04,第222页

1971年，卫生部中医研究院与北京中医学院合并，更名为中国中医研究院。

1973年，中国中医研究院的科研人员******从中药青篙中成功提取有效单体——青篙素结晶；“冠心“号的研制成功，标志着中西医结合治疗冠心病取得重大进展；“针拨治疗白内障术”被卫生部在全国推广。

1975年，研究院教授唐由之为*********主席进行了白内障手术，得到了*********主席和******领导的赞赏。

2005年12月，研究院举办50周年院庆时，经国务院批准，更名为中国中医科学院。